根据《民事诉讼法》第216条和最高人民法院《关于人民法院执行工作若干问题的规定》第19条的规定，对已发生法律效力的法律文书提起执行，可分为当事人申请和法院依职权移送两种情况。除了具有给付赡养费、扶养费、抚育费内容的生效法律文书、民事制裁裁定书以及刑事附带民事判决、裁定、调解书由审判庭移送执行机构执行外，对其它生效法律文书的执行，一般应由当事人依法申请执行。那么，对于分期履行案件，该如何申请执行呢？现行做法大多是当事人只申请一次，法院也只立一次案。而当事人只申请一次又可分为两种情况。一种情况是，申请人在被申请人第一次履行期限届满后对方未履行时，提出执行申请，并且连同尚不到履行期限的判决内容都写到一块；另一种情况是，申请人在被申请人前几次期限届满后未履行，未提出执行申请，而是在最后一项内容履行期限届满后仍未履行时，才连同前面的内容写到一块。

对前一种情况，其做法是违背法律规定的，且对被执行人是不公平的。这是因为，根据《关于人民法院执行工作若干问题规定》第18条和《民诉法》第219条之规定，只有在被告逾期不履行的情况下，原告才能申请执行。对被执行人在第一次履行期限届满后未履行，提出执行申请是正确的，但绝不能为图省事而连同以后的执行申请一块写进去，因为后面的执行内容，其履行期限尚未到期，无法证实被执行人到时不履行，故申请人提前写出申请于法无据。正确的做法是在每项内容履行期限届满后，原告针对被告未履行的标的写出执行申请，重新立案，分几次履行，写几次申请。如不在申请期限内提出申请，应视为其对自己权利的放弃，那种认为一份法律文书只需写一次申请的观点是有失偏颇的。

对于第二种情况，如果在全部履行内容履行期限届满后被执行人未履行，只有对在申请执行期限内提出的申请，才能进入执行程序。对超过申请执行期限的部分，应视为其权利的放弃。当然，被执行人自愿履行的除外。如果每项履行内容都未超过申请执行期限，那么申请人可以在最后一项履行内容期限届满的情况下一次性写出申请。

综上所述，在对分期履行案件需要申请执行的一般应在申请执行的内容履行期限届满后分期提出申请。如果履行期限均在一年内届满的，可待履行期限届满后，在执行期限内一次性提出申请。