在刑事司法实践中，重大损失一般是指被害人由于犯罪人的犯罪行为而遭受的物质损失。依照最高人民法院《关于刑事附带民事诉讼范围问题的规定》第二条的解释，被害人因犯罪行为遭受的物质损失，是指被害人因犯罪行为已经遭受的实际损失和必然遭受的损失。就侵犯商业秘密罪而言，刑法未对“重大损失”的含义作出界定和说明。最高人民检察院、公安部２００１年发布的《关于经济犯罪案件追诉标准的规定》指出，侵犯商业秘密，涉嫌下列情况之一的，应予追诉：（１）给商业秘密权利人造成直接经济损失数额在５０万元以上的；（２）致使权利人破产或者造成其他严重后果的。至于其中的“造成直接经济损失在５０万元以上”是指被盗窃商业秘密本身及其载体的价值，还是指商业秘密被侵犯后给权利人造成的实际损失，在该规定中也并未明确。从多数国家的立法看，显然应是指后者。
      同时，刑法学的通说认为，“重大损失”，是指致使权利人的经营活动受到严重损害的；造成权利人商品滞销，严重积压的；致使权利人的营利性服务严重受挫的；致使权利人经济损失巨大的；致使权利人丧失竞争优势、倒闭、破产的情形。由此可见，我国司法实践中据以认定“重大损失”的标准是很高的，绝非一般侵权行为轻易能够达到，这也正是刑法上的侵犯商业秘密罪和民事侵权行为进行区别的重要标准。
      因此，律师认为，在侵犯商业秘密罪中被害人遭受的重大损失，是指实际损失，而实际损失既包括直接损失也包括间接损失，因为间接损失也是受害人必然失去的现实利益。因此，在确定犯罪行为给权利人造成的损失时，必须充分考虑以下因素：（１）取得商业秘密的成本，如开发、研制商业秘密的成本，商业秘密的合理使用费数额等；（２）使用或保持商业秘密所产生的经济利益或竞争优势，如生产成本的降低、利润的增加等；（３）侵权人使用商业秘密之前的获利状况与使用之后的获利大小；（４）合理预期的将来利益，要确认这种损失就需要充分考虑商业秘密新颖性的程度、商业秘密的生命周期及其所处阶段、市场竞争状况和市场前景等因素。